门诊楼共有五层，设有儿科、内科（心血管内科、神经内科、呼吸内科、消化内科、肾病风湿免疫科、内分泌科、血液科、肿瘤科、放疗科）、外科（普外科、乳腺科、肛肠科、骨科、泌尿外科、心胸外科、神经外科）妇科、产科门诊、预防保健科、生值医学科，眼科，口腔科、耳鼻喉科、皮肤科、康复科、心理科、中医科等特色科室。
急诊科按三级甲等医院标准建设，承担着松山湖及周边地区急危重症的救治任务、各种公共卫生突发事件的应急保健任务和本地区急救科普工作。平均每年接诊6万余人次，在院前急救、心肺脑复苏、脓毒症、中毒、严重多发伤、复合伤及疑难危重病人救治方面积累了丰富的临床经验。
科室现有医务人员21人,其中有主任医师及副主任医师（技师）7人、主治（管）医（技、护）师5人，其中硕士学位7人。全体医务人员先后到中山大学附属第一医院生殖科、南方医科大学附属南方医院生殖科、重庆市遗传与生殖研究院、新疆佳音医院生殖科、广东省计划生育研究所等研修培训，确保了全科医务人员能为广大不育夫妇提供专业、优质、高效的助孕治疗。
东莞松山湖东华医院健康管理部创建于2019年，现为东莞市医学会健康管理及健康体检医学分会主任委员单位，是一所集健康咨询、健康体检、疾病早筛、健康风险评估与干预等全面健康管理服务为一体的现代化、专业化的健康体检中心，目前松山湖院区有普通体检区与健康服务中心两个区域，健康服务中心内设贵宾体检区与名医工作室，致力于为中高端客户群提供个性化、专业化的健康体检服务与检后疾病管理服务。是东莞市公务员健康体检、大型企事业单位体检定点医院。
科室为东莞市临床重点专科。全科共有专业医师36名，护理人员55名，其中主任医师(含教授及硕士生导师)5名，副主任医师(含副教授)6名，主治医师7名，副主任护师1名，主管护师4名，护师11名，其中有博士、硕士研究生学历22名。
心血管内科成立于医院建院之初，现已经成为东莞市临床重点学科。心血管内科（二区）在临床业务上，承担心律失常、高血压病、心力衰竭等的诊治以及危重病人的救治工作。科室为广东省首批开展在人工智能（AI）指导下房颤射频消融术、左心耳封堵术、His束及左束支区域起搏治疗等技术的单位。
神经内科位于心脑血管大楼的9-10楼，神经内科的主要研究方向包括疑难脑血管病的诊治、神经血管介入治疗以及神经重症，是一个以血管介入治疗为主要特色的学科。在护理方面，神经内科提供慢病管理、神经重症护理、神经介入护理、脑卒中康复护理、老年专科护理等亚专业专科护理，实现医疗及护理的全面发展。
消化内科是集医疗、教学、科研等全面发展的重点科室，目前与国家临床重点专科东莞东华医院消化内科同质化管理。科室下设有专科门诊、住院部和内镜诊疗科，开放床位38张、5间内镜诊疗室和4间专科门诊，每年专科门诊量超4万人次、出院量2500人次、内镜诊疗量超2万人次。
肿瘤内科二区成立于2004年8月，目前已发展为集临床、教学、科研于一体的综合性科室，为东莞及周边地区的广大群众提供肿瘤诊断、治疗和预防保健方面的服务。科室于科室目前共有医护技人员22人，其中医生6人，高级职称医师2人，主治医师1人，住院医师3人，90%以上医师具有硕士以上学历，人才梯队合理，技术全面。物理师2人（硕士毕业1人），科室医师、物理师、技师均经过系统、全面培训，及外出深造学习的经历。已形成了一支富有活力、充满创造性、具有快速应变能力的肿瘤放疗专业技术队伍。
肿瘤内科是集临床、教学和科研为一体的综合性肿瘤专业科室，为松山湖及周边地区广大患者提供肿瘤诊断、治疗和预防保健等方面的服务。科室现有床位66张，是中山大学附属肿瘤医院协作医院，中山大学肿瘤学教授定期来我院指导查房及会诊。
呼吸与内分泌科包括呼吸与危重症医学科与内分泌科，呼吸与危重症医学科主要收治病种包括肺部感染、支气管哮喘、支气管扩张、慢性阻塞性肺疾病、睡眠呼吸障碍性疾病、肺部肿瘤、良恶性气道狭窄、各类发热疾病、慢性咳嗽等呼吸系统疾病；内分泌科广泛开展内分泌代谢性疾病的诊断及治疗，包括糖尿病、甲状腺功能亢进症、甲状腺功能减退症、甲状腺炎等。
血液病科可提供血液疾病诊断、治疗和预防保健方面的服务，门诊和病房诊治病人主要为急、慢性白血病、骨髓增生异常综合征、多发性骨髓瘤、淋巴瘤、骨髓增殖性肿瘤、再生障碍性贫血、溶血性贫血、缺铁性贫血、巨幼红细胞贫血、地中海贫血、原发免疫性血小板减少症、过敏性紫癜、血友病、血栓性血小板减少性紫癜。
中医科临床以中医为主、中西医结合的理论为指导，广泛开展针刺、艾灸、手法推拿、小儿推拿、耳穴、刮痧、火罐、针刀、穴位注射、穴位贴敷、中药内服及外敷等中医特色疗法，治疗内、外、筋伤、妇科、儿科、五官等疾病，尤其擅长颈肩腰腿痛等伤科病、脾胃病、肿瘤、面瘫、皮肤疾患等疾病的中医综合治疗。
肾病风湿免疫科是医院集中肾脏病专业和风湿病专业的专家和技术骨干组建的科室，肾脏病专业设置有肾脏病门诊、肾内科病房、腹膜透析区、血液透析区等4个单元，风湿免疫专业设置有风湿科门诊、风湿科病房、风湿科治疗室等3个单元。科室共设45张病床，其中危重病床5张，单人病房8间，努力为患者及家属提供优美舒适的就医环境。
血液净化科是东莞市血液净化质量控制中心副组长单位，，血液透析患者约200人，年透析总量约28000人次，腹膜透析患者约200人。科室有肾内科专业医生11人，其中硕士学9人，专科护士19名，专职工程师1名，均从事血液净化临床及科研工作多年，具有较强的临床及科研能力。
综合病区创建于2023年，位于综合住院部14楼、15楼，现有两个病区总床位74张，15楼设有母婴贵宾区12间，豪华套间14间；14楼设有豪华单人间48间，均为医院提供高端医疗的服务区域。综合病区环境舒适优雅，配置齐全，可为客户提供覆盖全流程的优质服务，如便捷的就医渠道、个性化的诊疗服务、全面的疾病筛查、长期的健康管理、全程的就医陪护、快捷的费用支付等。
神经外科分为两个病区和一个重症监护室（神经外科ICU）。科室在各种脑肿瘤、椎管内肿瘤、脑血管病、高血压脑出血、重型颅脑外伤、神经重症等疾病的诊断治疗方面，积累了丰富的临床经验。科室在脑血管病介入手术治疗、脑肿瘤及椎管内肿瘤手术治疗、高血压脑出血微创手术治疗、脑肿瘤内镜手术治疗、脑出血及脑肿瘤的立体定向手术治疗、重型颅脑损伤手术及康复治疗、神经重症综合治疗等方面发展良好，诊疗水平在本地区优势明显，是东莞市临床重点专科。
普外科开展腹腔镜胃癌根治术、腹腔镜结直肠癌根治术、腹腔镜脾切除及断流术、肝癌切除术、胰十二指肠切除术及腹膜后巨大肿瘤切除术等高难度手术，均取得良好临床治疗效果。科室现有医生14名，其中高级职称4人、主治医师4人、住院医师5人，研究生以上学历9人。
心胸外科成立以来开展了对各类胸部疾病及心脏疾病的外科诊断与治疗工作，积累了丰富临床经验。与中山医科大学附属医院心胸外科，广东省人民医院心外胸外科，广东呼吸系统疾病研究所胸外科建立密切的技术合作，充分利用北京阜外医院、北京安贞医院优良的技术团队资源，发展提高心胸外科常见病、多发病、疑难危重症诊断治疗技术。
泌尿外科现已成为完整、独立、技术全面、发展势头良好的专科。泌尿外科开放床位42张，共有医护人员近20人，其中医生7人，大多数具有硕士及以上学历。科室重点开展各种泌尿系统疾病的微创手术治疗，擅长系统治疗泌尿系结石、肿瘤、泌尿系损伤、泌尿系先天性畸形、男性不育、男性性功能障碍等各种泌尿生殖系统疾病。
骨科现有开放床位59张，共有医护人员28人，设脊柱、关节、创伤、手足血管四个诊疗组。科室研究方向为脊柱疾病的诊断和微创治疗技术，关节镜技术治疗运动损伤疾病，骨关节损伤的微创诊疗技术，核心技术包括脊柱疾病的微创技术（椎间盘镜、椎间孔镜 显微镜）、经皮椎体成形技术治疗老年脊柱骨折、脊柱畸形后路矫形技术（脊柱后凸、脊柱侧弯）等。
皮肤科从事皮肤病和性病专业工作，具有丰富的临床经验和较高的技能操作水平。科室可开展多种治疗技术项目，如光子嫩肤、二氧化碳点阵激光、果酸换肤、火针、过敏原检测等。可治疗各类皮肤病种，如各种重症药疹、大疱性疾病、红皮病、关节病型银屑病，各种皮炎、湿疹、荨麻疹、多形红斑、变应性血管炎等严重、难治性皮肤病等。
麻醉科手术室已成为在广东省内及东莞地区具有一定影响力的麻醉科团队，2022年获批广东省医学会麻醉学分会加速康复外科实践基地、可视化技术实践基地。现有麻醉医生16人，主任医师2人，副主任医师2人，主治医师7人，医师5人，麻醉护士4人，手术室护士30人。
肿瘤与血管介入科常规开展肝癌的介入治疗及综合治疗,包括：TACE、射频消融术、微波消融术、冷冻消融术、放射性粒子植入术、靶向治疗、免疫治疗等，使患者得到系统化、个性化的精准治疗。
科室是医院成立的第一批主要医技科室之一，临床技术包括MRI、CT、造影检查、X线摄影等，主要设备有西门子双源CT 1台、飞利浦64排CT 1台、西门子3.0T MRI 1台、联影3.0T MRI 1台、日立数字胃肠机1台、联影直接数字X线机（DR）3台、联影数字乳腺钼靶X光机1台、日立移动DR 1台。
超声科集诊断、治疗、教学、科研于一体，是广东省临床医学学会东莞市介入超声联盟理事长单位。科室亚专业设置完善，包括超声微创介入门诊、腹部浅表组、心血管组、妇产科组、介入超声组、体检等亚专业组。科室拥有超过1000平方米的业务用房，其中专业诊室25间，标准配套介入手术室1间，观察室1间。
检验科下设临床检验、 临床生化、临床免疫、临床微生物、PCR 共 5 个专业实验室。在质量建设、服务创新和学科建设方 面不断发展提升。科室拥有技术人员 24人，3 名硕士研究生，18 名本科生，3名专科生，其中主管检验师 8 名、初级及以下检验师16名。
核医学科开展的重点项目有PET/CT、SPECT/CT检查，甲癌及甲亢碘131治疗、骨密度测定等，配备有德国西门子Biograph mCT.S型PET/CT、Symbia Intevo Bold型SPECT/CT、Symbia T2型SPECT/CT、法国迈迪MEDIX90双能X射线骨密度仪。
心电生理科是集医疗和教学于一体的医技专科。检查项目包括心电图检查，24小时动态心电图，24小时动态血压，平板运动试验。业务上长期服务与协助于临床科室，为患者的冠心病、高血压病、急性心肌梗死、心律失常、先天性心脏病、风湿性心脏病等提供诊断依据，评估治疗后恢复情况，手术前常见心脏疾病筛。
科室设有普通妇科、妇科肿瘤、妇科腔镜、妇科内分泌月经病、计划生育、宫颈病变早癌筛查、子宫内膜异位症等专病门诊。业务范畴主要涉及女性生殖系统的各类常见病、疑难病、危重病及相关专业疾病的预防、诊断及治疗，并可解决基层医院疑难疾病会诊。
产科作为迎接新生命的第一站，是集保健、医疗、教学、科研为一体的科室。产科由门诊、孕妇学校、产房、产科病房四大部分组成。科室已形成一支老中青结合，专业技术职称结构合理的学术梯队，对产科临床，科研，教学，护理，科室管理驾轻就熟，于优生优育，孕期保健，妊娠合并症的治疗，各种难产的预测及处理，产科危重症救治等方面具有较高的专业水平。
儿科新生儿专业救治的极早产儿、超早产儿成活率达97%以上，救治成功的最小超早产儿体重仅500克，大多数早产儿预后良好。科室对急性呼吸窘迫综合症、新生儿肺出血、感染性休克、持续肺动脉高压、新生儿重度窒息、颅内出血、新生儿缺氧缺血性脑病和支气管肺发育不良等危重症的救治与管理有一套先进方案，抢救成功率较高。
眼科除开展常见病、多发病外，还重点开展眼特色诊疗项目，特开设眼底门诊、干眼门诊、近视防控门诊、神经眼科门诊、眼整形美容门诊等专病门诊。其中，近视防控门诊特邀请专家长期坐诊，建立集医学验光、配镜、视功能训练、屈光矫正手术等功能为一体诊疗模式。
耳鼻咽喉头颈外科科拥有耳内科、耳显微外科、鼻内镜外科、咽喉科、头颈外科等5个亚专科。科室配有耳鼻咽喉多功能诊疗台、高清内镜系统、耳鼻喉科等离子低温射频手术系统、耳鼻科手术动力系统、纯音测听仪、中耳分析仪、听觉脑干诱发电位仪（丹麦产）、耳声发射、眼震电图仪、手术显微镜镜、电子喉镜等设备。
科口腔科目前只开设口腔门诊服务。主要开展包括口腔牙槽外科、种植科、修复科、正畸科、牙体牙髓科及牙周科等口腔亚专科。科室配备牙科综合治疗牙椅十余台；设立牙槽外科室1间，口腔种植室1间；配备口腔CBCT机1部，小牙片机1部，种植机两台，超声骨刀机两台，口腔扫描仪1部。
